第二集中，尼奧（基努·里維斯 Keanu Reeves 飾）沒有能從內部摧毀“母體”，他的身體在真實世界的飛船上陷于昏迷，思想卻被困在介于“母體”和真實世界的中間地帶，這個地方由“火車人”控制。墨菲斯（勞倫斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 飾）和崔妮蒂（凱瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 飾）等人知道了尼奧的情況，在守護天使的帶領下， 找到了“火車人”的控制者梅羅紋奇，經過一番激斗，將尼奧救了出來。