超級病毒“金美拉”和抗生素在運送途中，被恐怖組織頭目Sean Ambrose（ Dougray Scott  飾）盜走，Ethan Hunt（Tom Cruise 飾）率領他的IMF小組接受中情局的任務，找回病毒。 　　這次，Ethan Hunt找到了女飛賊Nyah Nordoff-Hall（Thandie Newton  飾）搭檔，后者是Sean Ambrose的前女友。Ethan Hunt在獲取Nyah信任的同時，二人也暗生情愫。 　　但是，為了完成任務，Ethan Hunt不得不安排Nyah回到Sean Ambrose身邊臥底。 　　Nyah終于打探出病毒所在的藥廠，接獲情報的Ethan Hunt前往藥廠準備銷毀病毒；另一邊，Sean Ambrose已經察覺出了Nyah回到自己身邊的真正目的，組織人馬在藥廠等待Ethan Hunt自投羅網。 　　激烈的搏斗中，...