琴（法米克·詹森 Famke Janssen 飾）的死亡在X戰(zhàn)警中造成了持續(xù)的影響，斯科特和金剛狼羅根（休?杰克曼 Hugh Jackman 飾）恍然若失。學(xué)院的教學(xué)任務(wù)落在了風(fēng)暴女（哈莉?貝瑞 Halle Berry 飾）和金剛狼等人的肩上，異種人在這里才能得到身份的認(rèn)同。某公司從一名異種人兒童的基因中提取出了還原變異的X基因的“解藥”，可以令異種人的身體與常人無(wú)異，解藥的問世在異種人中引起了強(qiáng)烈反響，萬(wàn)磁王（伊安?麥克萊恩 Ian McKellen 飾）四處聯(lián)系不愿改變體質(zhì)的異種人，試圖用暴力反抗人類社會(huì)的不公平待遇。金剛狼等人發(fā)現(xiàn)琴并未死去，而且她被喚醒的第二重人格擁有極為強(qiáng)大的力量，X教授（帕特里克?斯圖爾特 Patrick Stewart 飾）和萬(wàn)磁王各自爭(zhēng)取琴，她成為了改變異種人世界的關(guān)鍵人物…