ヒャッコクジムのジムリーダー?ゴジカに勝利し、7つ目のジムバッジを入手したサトシ達は8つ目のポケモンジムがある街?エイセツシティに向けて、旅を続けていた。その道中、一行は正體不明のポケモン「プニちゃん」を旅に連れていくのだが、「プニちゃん」は謎の集団?フレア団に狙われていた。